子宫内膜异位症主要的病理变化就是异位的子宫内膜随着卵巢激素的变化，发生周期性的变化出血临床上最多见的是卵巢子宫内膜异位，每次月经一位，在卵巢的子宫内膜都会发生出血，这样日积月累，异位的子宫内膜就逐渐形成的囊肿。这就是卵巢巧克力囊肿形成机理，随着囊内压力的增高，囊壁表现出渗漏，和周围组织黏连。因此大部分卵巢巧克力囊肿在术中会发现，和周围组织有黏连。