指甲凹凸不平有许多原因，如局部外伤，可造成甲床的变态反应性损伤，形成指甲不平。此外，微量元素缺乏，必需的营养素，尤其是蛋白质，严重的消耗性疾病，如严重的肝病、糖尿病等，都会造成指甲凹凸不平。或者有些疾病，比如牛皮癣病人会表现出指甲上有凹陷的小坑;指甲感染了真菌之后，根据真菌侵入的部位，也可以形成这种指甲上的改变。不显眼的指甲，也可见于特殊行业，接触某些特殊化学物品等。普通人也会发生这样的事。