药物治疗是肺结核病治疗的基石，相比其它类型的细菌感染，肺结核治疗可能需要更长的时间，对于活动性肺结核需要抗结核药物治疗至少6到9个月。具体药物和治疗时间，取决于患者年龄、整体健康状态以及耐药等情况。结核的药物治疗目标不仅在于杀菌和防止耐药性的产生，还包括最终灭菌，防止和杜绝复发。结核的治疗原则，为早期、规律、全程、适量、联合。常用的药物有异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇等。