肛门镜和肛门指检一般是不会导致肛门疼痛的。如果在做检查时表现出疼痛，一般是痔疮处于肿胀期、肛裂及肛管炎、肛门直肠壁脓肿等疾病导致的。选择哪种检查方式，需要根据病人的症状由医生来决定。只要检查时放松、积极配合，一般不会有太大痛苦的。