慢性结肠炎最好做肠镜的检查，明确结肠炎的病因，根据病因并且给予对症的处理。慢性结肠炎的治疗的主要目的是保护肠粘膜，对抗病原体，缓解患者的症状，减轻患者的痛苦等。慢性结肠炎，常给予肠道益生菌的处理，常用的益生菌有地衣芽孢杆菌，金双歧，双歧四联活菌，复合乳酸菌，美肠安等。如出现腹泻的情况，可给予蒙脱石散剂止泻的处理。如出现腹痛等情况，可给予胃肠道解痉的药物，如阿托品，山莨菪碱等处理。如出现腹胀等，可必须多潘立酮，莫沙比利，伊托比利等处理。慢性结肠炎由于个体的差异比较大，用药不存在绝对的最快、最好、最有效，主要给予对症的处理。