大拇指指甲凹陷的原因主要有：1、指甲营养不良引发的症状反应；2、如果指甲根部的甲母质部位表现出异常，发生病变，也会引发这种症状。比如说先天性外胚叶发育不良、末梢循环障碍，都会让指甲部位的循环系统发生障碍，造成指甲受损，引发拇指凹陷症状；3、指甲外伤也容易引发指甲凹陷症状。这种大拇指指甲凹陷症状是能够自行恢复的。