临床比较常用调理肠道菌群的药的包括:双歧杆菌三联活菌，服用以后能够保持肠道微生态平衡，可以用于菌群失调造成的腹胀、腹泻。复方嗜酸乳杆菌片，主要用于肠道菌群失调造成的肠功能紊乱、轻型急性腹泻的治疗。枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊，可以治疗感染性的腹泻，能够提高机体免疫力。乳酸菌素片、益生元等，也可以调节肠道菌群。