自然流产两个月后怀孕了，孩子可以留下。自然流产和胎儿的染色体异常、精子卵子质量不好、孕妇内分泌失调、病毒感染等有关系。自然流产两个月后怀孕了，要警惕再次自然流产的可能。故要多休息，增加营养，远离有害物质，忌行房事。在怀孕四十二天左右做一次B超检查，确认胚胎发育情况。