胚胎发育不良最多见的原因是胚胎染色体异常造成的。大概要占到百分之五十左右。此外母体因素如全身性疾病，比如严重感染高热疾病，引发胎儿缺氧，如严重的贫血和心力衰竭等等；生殖器官异常，如子宫畸形双子宫、子宫纵膈、子宫肿瘤等等；内分泌异常，比如黄体功能不足、甲状腺功能减退、糖尿病未能控制等等。