胃窦糜烂的治疗方法主要包括药物治疗和手术治疗。1、药物治疗：药物治疗是应用最多的治疗方法，主要需选用抗病毒药物、抗炎药物、胃黏膜保护剂以及抑酸药物进行治疗。2、手术治疗：严重的胃窦糜烂很容易造成胃穿孔，因此要尽快手术切除病灶并进行缝合，这样就可以直接治愈胃窦糜烂。但这种手术对身体的创伤也比较大，因此术后需要长时间坚持用药预防并发症。