根据病原菌对治疗的反应、合并症和并发症可以做出抗菌疗程的决定，一般抗生素的疗程为7到10天。军团菌肺炎支原体和衣原体所致的肺炎，可能应该抗菌治疗至少2周。临床症状明显好转但其影像学吸收要延迟，尤其对于患者的年龄和有无并发症，是决定肺炎恢复速度的重要因素。年龄小于50岁的肺炎球菌肺炎患者虽然伴有菌血症，其胸片上的浸润阴影可在四周内消散，但老年患者或有基础疾病以及重症肺炎患者的速度恢复显著减慢，只有20%到30%的患者胸片表现可在4周时消散。军团菌感染的肺部阴影消散时间则更长，只有55%的病例能在12周时完全消除，对于大于40岁或吸烟的某些患者，建议胸片随诊的时间是在抗菌治疗后的7到12周。