盐酸小檗碱的副作用较小，如能严格按要求使用，一般没有什么影响和危害，但有的人用药后会感到轻微头晕或有一点心慌，但这些症状可不予处理。但是一些人在服药后会表现出肠胃不适，甚至恶心呕吐，像这样的情况可以停止服药观察。