造成男性阴茎刺痛的原因有以下可能：1、泌尿系统炎症如龟头炎、尿道炎等都可能造成阴茎刺痛；2、外伤、海绵体异常也可能造成阴茎刺痛；3、尿道结石也可造成阴茎刺痛；4、频发性生活、手淫过度摩擦阴茎也可能造成刺痛。建议及时就医，遵医嘱进行治疗。