怀孕40天可以做药流，药物流产的适用时间是孕49天内，最迟不超过孕56天，因此，怀孕40天，确定不要宝宝，可以选择药物流产，建议选择正规医院在医师指导下流产，现阶段多见的流产药物有米非司酮片和米索前列醇片，服药期间注意阴道流血情况，有无孕囊排出，及时复查，如果流产不全，应及时清宫，术后注意休息，加强营养，注意保暖。