造成肠道菌群失调的原因主要有机体内部和外界影响两个方面。机体内部方面主要有急慢性疾病（如胃酸缺乏症、慢性肾炎、肝硬化等）、手术（如肠切除、吻合等）、应用免疫抑制剂、放化疗等。外界影响主要有外袭菌大量侵入和抗生素的使用。抗菌药物的使用是菌群失调的重要诱因之一，抗菌药物在抑制或杀死致病菌的同时，也常同时损伤正常的肠道菌群，造成不同程度的菌群失调。