小檗碱的副作用，可能会表现出恶心，呕吐等胃肠道不适，也会有发热，皮肤红疹等过敏的情况发生，少数人输注后也会表现出有血管扩纸，血压下降等的情况，但是若是在医生的指导下适量服用一般不会表现出有明显的副作用的情况。可以有效的缓解腹痛，腹泻等的抗炎的作用，具有很好的治疗效果。