卵巢打孔术对卵巢的正常功能有害。首先卵巢钻孔一般利用电能转化为热能进行钻孔，所以对正常卵巢组织有热损伤。如果钻孔次数太多，钻孔太深也可能造成卵巢衰竭，造成更年期现象，如术后热潮红和出汗等。此外手术后卵巢表面的伤口表面有渗出物，可造成周围组织粘连和一些粘连症状，如下腹疼痛。