巴氏腺囊肿手术是需要住院的。手术后需要在医生指导下应用抗感染药物，查看手术部位是否有出血，引流是否通畅，如果有炎症疼痛，还可以适当应用止痛药物，等到疾病痊愈之后再出院。如果不住院治疗，有可能会造成表现出继发性感染造成出血等表现，不利于身体恢复。手术后饮食要注意加强营养。