假膜性肠炎的治疗主要是通过药物治疗、手术治疗、支持治疗等方式，消除细菌，消除或者减弱细菌毒素的作用，扶植肠道正常菌群，改善全身和腹部、消化道的症状，平时可以应用抗生素治疗。在大便培养以及药物敏感实验得出结果以前，及时的应用抗生素，可以使用针对性强的窄谱抗生素，比如红霉素、万古霉素、甲硝唑等药物，还可以应用抗毒素、移植毒素的致病作用，通过消胆胺口服起到抑制毒素释放的作用。还可以应用维生素c、叶酸、维生素b12、谷氨酸等，促进肠内球菌正常菌群的繁殖。在非手术治疗无效下，也应当积极的行手术探查。