主动脉瓣关闭不全应该和以下疾病相鉴别：第一，肺动脉瓣关闭不全，患者颈动脉搏动正常，肺动脉瓣区第二心音亢进，胸骨左缘舒张期杂音吸气时增强，用力握拳时没有明显的变化，心电图提示右心房和右心室肥大，X线检查提示肺动脉主干突出，多见于二尖瓣狭窄，也可以见于房间隔缺损。第二，主动脉窦瘤破裂，它的杂音和主动脉瓣关闭不全的杂音相似，但是患者可以出现突发性的胸痛，进行性的右心衰竭，主动脉造影和超声心动图检查可以确诊。第三，冠状动脉瘘，可以闻及主动脉瓣区舒张期杂音，冠状动脉造影可以见到冠状动脉与肺动脉、右心房、冠状窦或者右心室之间有交通。