3个月的婴儿睡觉老是摇头的原因如下：第一、室温过高、衣着或被褥过厚等外界因素造成婴儿过热，表现出出汗或长痱子、湿疹等而造成瘙痒不适，宝宝会经过摇头来缓解；第二、患维生素D缺乏性佝偻病导致的，临床较为多见，多见于冬日不能进行室外活动，且未及时添加维生素D的婴儿，维生素D缺乏造成钙、磷代谢紊乱，小月龄儿童可表现为易出汗、哭闹不安，出汗后宝宝经过摇头来缓解不适，进而可造成宝宝表现出枕秃等。