因为试管婴儿技术本身存在缺陷，决定了这一技术的应用也是存在风险的。例如，通常为了获得数日较多的成熟卵子，都会对患者使用促排卵药物，这会导致卵巢过度刺激综合症，引起卵巢功能早衰，同时也可能增加卵子携带变异基因的几率，而且取卵过程本身也存在对女性身体造成损伤或感染的可能。