肌营养不良是一种罕见的遗传性疾病，主要表现为肌肉无力、萎缩，严重影响患者的运动能力和生活质量，对于能否办理健康证的问题，我们需要从多个角度进行探讨。

根据《公共场所卫生管理条例》和《健康证明管理规定》，办理健康证的主要目的是为了确保从业人员不会对公众健康构成威胁，如传染病等，肌营养不良并非传染性疾病，因此从这个角度来看，患者理论上是可以申请健康证的。

肌营养不良患者的身体状况可能无法满足某些职业对身体素质的要求，例如重体力劳动或者需要长时间站立的工作，在这种情况下，即使他们获得了健康证，也可能因为身体限制而无法胜任相关工作。

我国的健康证制度主要是针对食品行业、医疗行业等特定领域，这些领域的从业者需定期体检以保证公共卫生安全，肌营养不良患者如果从事的是这些行业，他们的病情可能会对其在工作中的表现产生影响，从而引发安全隐患。

值得注意的是，虽然肌营养不良患者在法律上并未被禁止办理健康证，但他们在求职过程中可能会遇到歧视或就业困难，这是由于社会对这种疾病的认知不足，以及对患者工作能力的担忧，保障肌营养不良患者的职业权益，提升社会对他们疾病的理解，是当前社会亟待解决的问题。

肌营养不良患者可以申请健康证，但在实际操作中，其是否能成功获得以及能否适应相应工作岗位，还需结合具体的职业要求和个人身体状况来判断，社会应当给予这类群体更多的理解和支持，消除就业歧视，保障他们的合法权益。