阴沟肠杆菌可以经过人体皮肤破口直接感染人体，或者经过侵入性操作，如滞留导尿管，静脉穿刺，机械通气等所产生的通道入侵机体造成感染。当人体免疫力低下或长时间应用抗生素造成机体菌群失调，也容易造成阴沟肠杆菌感染发病。