过敏性结膜炎的病因是由于致敏原，如花粉，尘埃，细菌蛋白质，动物蛋白质，蔬菜，毛发等在结膜组织引起强烈的变态反应。正常细胞及附属器组织含有肥大细胞，每个肥大细胞中含有数百个异染颗粒，细胞内以颗粒形式存在，有化学介质，细胞膜上有数十万个IgE受体，当致敏原溶于泪液膜中，进入细胞，与细胞内B淋巴细胞结合，产生浆细胞，浆细胞能合成并释放出特异性IgE抗体，这些IgE抗体与肥大细胞结合，当再次接触过敏原时，致敏原通过泪液膜与位于肥大细胞表面的IgE抗体起作用，导致肥大细胞膜和胞浆发生化学反应，物理特性改变。