跑步时膝盖后侧疼痛，有可能是髌骨软骨软化症的早期表现。膝关节反复屈伸，髌骨后方的软骨和股骨滑车发生摩擦，对正常人来说没有特殊不适。但对于髌骨软骨软化症的病人来说，变性的软骨反复的摩擦容易产生无菌性炎症，导致膝关节疼痛和关节肿胀。如果跑步时膝关节疼痛的部位在腘窝处，可能要考虑半月板后角是否有损伤，膝关节反复屈伸有可能对半月板后角导致挤压，伴随损伤的病人容易表现出后方的疼痛。