造成跑步时肚子疼的原因可能是慢性肠炎。因为慢性肠炎的病人跑步时，肠胃会有较大的蠕动。在这种程度上，会造成炎症加剧，因此引发肚子疼的情况。也可能是腹膜炎造成的，腹膜炎也会在炎症刺激下造成疼痛。病人可以到医院进行进一步检查，确诊后再正确处理。