造成谷氨酰转肽酶低的原因有很多：可能是由于原发性或者转移性肝癌。可能阻塞性黄疸，是由于肝外导管或者肝内胆管阻塞，可以造成谷氨酰转肽酶降低。可能是急，慢性肝炎造成的，急性肝炎在活动期内病毒复制活跃，传染性很强，而慢性肝炎多是急性肝炎经久不愈，病毒持续复制，也是造成谷氨酰转肽酶偏低的原因。此外，胆道感染，肝硬化，心肌梗塞，急性胰腺炎等都可能会造成谷氨酰转肽酶低。