微血管减压术是治疗舌咽神经痛的首选方法。这种手术方法可以直接找到压迫舌咽神经根造成舌咽神经痛的原因，人工推开血管，推开后固定，排除病因，治愈率较高。其他治疗舌咽神经痛的方法有姑息疗法，如射频热凝术和神经阻滞术，可以直接破坏舌咽神经，阻止其传递神经纤维信号，还可以消除疼痛。