脑脊液生化检查常包括脑脊液的蛋白、糖和氯化物这3项检查。其检查具有重要的临床意义。脑脊液蛋白升高多见于一些免疫相关的疾病，如多发性硬化、视神经脊髓炎、格林巴利综合症等。也可以见于脊髓压迫症，如脊髓肿瘤。还可以见于中枢神经系统感染，包括各种致病微生物造成的脑炎。糖和氯化物的减低常提示病人有结核性，或者细菌性脑膜炎。