胚胎发育不好，最多见的原因是胚胎染色体自身异常，胚胎发育不好、胚胎停止发育是胚胎自然淘汰的一种形式。造成胚胎发育不好的原因很多，大多数原因在于胚胎染色体自身异常，如18-三体、21-三体、16-三体等，此外女性内分泌功能异常，如甲状腺功能异常、高泌乳素血症、凝血功能异常、女性生殖道感染合并子宫内膜炎、盆腔炎、生殖器畸形、免疫学异常、男性精子质量异常等，都可以使胚胎发育不好，胚胎停止发育。