胚胎发育不好的原因有很多种，包括母体自身的疾病，如血压高、血糖异常、激素水平分泌问题，都可能导致胚胎发育不好，还有母体有病毒感染的情况下，也会导致胚胎停止发育。如果受精卵自身染色体有异常的情况下，也会导致胚胎发育不好，现阶段还有大气污染环境的因素。早期怀孕不知情的情况下，吃了孕期禁用的药，也会导致胚胎发育不好。备孕前夫妻双方都最好要查一下优生十项，看看体内是否有病毒感染的情况，如果有弓形虫、巨细胞病毒感染，很容易导致早期胚胎停止发育、流产或者导致畸形。