肺炎克雷伯菌是否会自愈，取决于是否是人体的定植菌以及导致疾病的严重程度和患者的基础状态。肺炎克雷伯菌属于一种正常的人体定植菌群，可以定植于5%到38%的健康人的肠道和1%到6%的健康人口咽部，如果人体的抵抗力正常，肺炎克雷伯菌可以与人体共存，并不会导致发病。如果患者抵抗力下降，或者是有糖尿病等基础疾病，会导致肺炎克雷伯菌感染发生，通常可以发生肺炎克雷伯菌肺炎或者是肠道感染。通常这种情况下需要进行积极的抗感染，自愈的可能性比较小。