胃肠神经官能症的治疗以缓解症状，防止复发和改善生活质量为主。首先是从饮食和生活上进行调解，患者应该认清疾病，改善不良的生活习惯，例如吸烟、熬夜、精神高度紧张的工作，改善整个生活的习惯，在生活中尽量避免诱发疾病的原因。饮食上应该注意饮食清淡，少食多餐，尽量吃温热的食品，忌辛辣、冷、过热、过辣这种极端食品，尽量在夜间睡前不吃东西。还有长期功能性便秘的患者，多吃纤维素多的蔬菜和水果，进行食品的通便。最后可以用胃肠动力药，抑酸剂、解痉剂等等，还有肠道益生菌的治疗，甚至可以加用抗抑郁剂，对肠道的官能症都是有效果的。