肝脏多发囊肿很少会癌变。不过若是肝脏多发性囊腺瘤会有一定的几率表现出癌变，也就是肝脏囊腺癌。对于临床上已经明确诊断的肝脏多发性囊腺瘤，应该及时进行手术治疗。这包括根治性切除或者规则性肝叶、肝段切除术等。对于无法手术的病人还可以经过穿刺抽液，向其内注入化疗药物或者无水酒精进行处理。而大部分的肝脏多发囊肿是非肿瘤性囊肿，可以定期随访观察。如果进行手术治疗也是多采取肝囊肿开窗引流术。