脓肿尚未形成时，可采用药物抗感染治疗，治疗药物包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素，具有清热解毒作用的中药制剂或方剂等，还可口服缓泻剂或石蜡油，以减轻排便时疼痛，并配合温水坐浴，局部理疗休息等综合治疗措施。脓肿形成时应及时手术切开引流，脓肿大且全身症状重者，除术后继续根据临床和药敏试验选择有效抗生素外，还需要给予支持对症治疗，浅部脓肿在脓肿切开引流时，若发现明确的内口，可同时行挂线术，也就是肛周脓肿一次性根治术，防止日后肛瘘形成。