对于耐药肺结核，至少需要联合5种以上的有效抗结核药物，治疗18~20个月，才能达到一定的效果。2016年WHO建议的耐多药肺结核治疗方案为，强化近4个月，（若痰涂阳性，延长至6个月），药物包括：卡那霉素、莫西沙星、氯法齐明、丙硫异烟肼、高剂量异烟肼、吡嗪酰氨和乙胺丁醇。巩固期为5个月，药物包括莫西沙星，氯法齐明、乙胺丁醇、吡嗪酰胺。