结肠炎可以选择一些抗菌素，如头孢或左氧氟沙星及氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，细胞免疫抑制剂及益生菌，如复方嗜酸乳杆菌，双歧杆菌，酪酸菌等和黄连素，蒙脱石散等对症治疗，最根本的治疗是需要针对病因治疗。结肠炎可分为急性结肠炎和慢性结肠炎，如果是细菌性的急性结肠炎，主要选择头孢或左氧氟沙星治疗；病毒性的急性结肠炎则主要是对症治疗，可以选择益生菌，黄连素，蒙脱石散等进行治疗。慢性结肠炎主要包括肠结核，溃疡性结肠炎，克罗恩病。肠结核可选择抗结核治疗，疗程需要半年到九个月。溃疡性结肠炎和克罗恩病可以选择氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，免疫抑制剂治疗，疗程需要两年以上，有些患者需要终身维持治疗。