粪便标本采集采用自然排出法，用清洁干燥容器留取新鲜标本，不得混入尿液或其它物质，如做细菌学检查应将标本盛于加盖无菌容器中，立即送检。粪便中有脓血时，应该挑取脓血及黏液部分涂片检查，外观无异常的粪便要多点取样检查。无粪便又必须检测时，可经肛门指诊采集粪便。对某些寄生虫及虫卵的初筛检测，应采取三送三检。