结膜炎最好的治疗方法是首先需要明确病因，根据不同性质分为感染和非感染两类。若是感染，需要冲洗结膜囊，局部用眼膏抗病毒、抗菌治疗，较重的结膜炎就需要全身用药治疗；若是非感染性的结膜炎，比如过敏性结膜炎可以用抗过敏的眼药水。