女性痛经主要艾灸腰部和腹部等局部的穴位。腹部可以艾灸小腹部的中极、关元、气海等穴位，也可以艾灸肚脐的位置，也就是神阙穴。艾灸时也可以进行隔姜灸，切一片薄薄的姜片，放置于要灸的穴位上，姜具有驱寒的作用，隔姜灸更可以起到温经止痛的作用。此外还可以艾灸背部膀胱经以及督脉上的穴位，如双侧的肾俞，腰俞，腰阳关等。