男性霉菌的治疗方法是口服抗真菌药物，比如服用克霉唑，酮康唑等药物，同时建议用小苏打等碱性药物清洗阴茎和龟头，可以改善霉菌的生活环境，有助于霉菌恢复。霉菌可以经过性生活传播，治疗期间防止同房，避免交叉感染，同时建议注意卫生，建议平时勤换内裤，内衣要及时消毒，避免有残留的霉菌，造成病情再次复发。