受精卵形成之后，没能在子宫内生长发育，以至于在着床前、着床期、着床后的三周内终止了发育。除了某些导致女性下次月经拖后以外，几乎没有引起女性身体的任何变化。所以生化流产也是一种超早期的自然流产，是身体的保护性反应。发生生化流产的原因，通常是由于受精卵质量低下导致的。受到身体优胜劣汰的鉴别之后，发生了保护性的反应，而导致受精卵质量低下的原因，最常见于精子、卵子本身的质量存在问题，老化之后受精是最常见的因素，其他次要的因素，还会有胚胎的染色体问题，孕激素分泌不足，以及免疫因素等等。