清胃黄连丸的主要功效具有清泻胃火、消肿解毒等；主要用来治疗咽喉肿痛、牙龈红肿疼痛、口舌生疮、暴发火眼、胃热口臭、食欲不振、口腔溃疡、吐酸水等表现。现代临床的主要作用具有抗细菌、抑菌、抗炎、止痛止血等。此外需要注意的是脾胃虚寒、年老体弱以及孕妇不宜服用。