由于卵巢囊肿的大小，性质以及伴随症状不同，所以治疗卵巢囊肿的方法就会有很大差异，不同的女性其处理治疗方法会因人而异。如果女性是出现卵巢巧克力囊肿，而且超过5cm，那么通常都是采用腹腔镜微创手术将卵巢囊肿切除，而且在手术以后还需要考虑肌注曲普瑞林或者亮丙瑞林来预防巧克力囊肿的复发。如果女性是由于盆腔炎症导致的卵巢炎性囊肿，通常就可以考虑使用抗生素来进行抗炎止痛治疗，既可以服用口服的头孢类抗生素，也可以直接静脉输入抗生素，绝大多数卵巢囊肿在抗炎治疗以后就会减小或者完全消失。