早上醒来经常肚子疼有可能是由于慢性结肠炎的导致的。一般早上的时候是阳气比较虚弱的阶段，从中医的角度来看一般是由于脾肾阳虚所导致的，阳虚的病人身体比较寒，寒性比较大的时候温作用就会减弱，就会表现出早晨起来肚子疼或者腹泻的现象。在医生的指导下可以服用一些温和脾肾的药物进行治疗。