支原体肺炎是感染肺炎支原体造成的，而衣原体肺炎由衣原体感染造成的。它们的临床症状也不同；支原体肺炎多见的症状包括发热、咳嗽、畏寒、头痛、咽痛等；而衣原体肺炎会有发热、寒战、肌痛、乏力等表现，衣原体肺炎的症状比支原体肺炎轻。