主要分为内科治疗和外科治疗。内科治疗最主要的就是抗生素的治疗，抗生素的应用原则早期应用、足量、足疗程的应用联合用药，静脉用药为主。一般应用的疗程达到4-6周应用的种类在血培养结果出来之前应采用经验性治疗。像急性感染性心内膜炎主要针对金黄色葡萄球菌应用柰夫西林联合庆大霉素或者氨苄西林治疗。亚急性感染性心内膜炎主要是应用青霉素联合庆大霉素治疗，待血培养结果出来之后应根据这个血培养的结果针对不同的病原菌应用特异性的抗生素。而外科治疗主要包括心脏瓣膜的置换、修补，还有自体瓣膜的移植等。