不能，怀孕三个月药流，药物流产是指口服米非司酮和米索前列酮来终止妊娠的办法，一般是用于月经停止49天以内、孕囊小于2cm以下的孕妇。怀孕已经三个月了，单纯的采用药流是流不干净的，需要经过药流加清宫的方法才能流干净。