小腹痛有褐色分泌物的原因如下：1、妇科炎症。有许多妇科炎症的症状有些类似，表现出这种状况要进行全面的妇科检查。2、盆腔炎、附件炎或是先兆流产。要做妇科检查和子宫附件B超检查。3、宫颈糜烂。要进行宫颈部位的检查。4、长时间服用避孕药物。这也是表现出这种情况的一个原因。对于小腹痛有褐色分泌物的情况，不论是哪种原因都需要去医院进行详细检查，以明确其具体原因，然后再有针对性地采取治疗措施。不能盲目自行用药，平时注意性生活卫生、也要注意外阴清洁。